ב-19.3.1944 פלש הצבא הגרמני להונגריה. מתאריך זה ענייני היהודים עברו לסמכות הגרמנים וגורלם הוכתב על ידי היחידה המיוחדת של אייכמן מטעם הגסטאפו ועוזריהם ההונגרים.
שלושה שבועות אחרי הפלישה לנורמנדי, ב-26.6.1944, התכנסה מועצת הכתר בהונגריה , בראשות הורטי. ואישררה את החלטת הקבינט לפנייתו של התת קונסול השוויצרי, קרל לוץ (Carl Lutz) לכבד את 7,800 הסרטיפיקטים, ולאפשר הגירתם לפלשתינה של בעליהם.
קרל לוץ מונה למשרה של תת קונסול שוויצריה בהונגריה ב-2.1.1942. תפקידו היה לייצג את המדינות שיחסיהם הדיפלומטיים נותקו כתוצאה מהמלחמה. באמצע יוני 1944 פנה לוץ לממשלה ההונגרית לאפשר את השימוש ב-7,800 הסרטיפיקטים (שהונפקו ע"י המנדט הבריטי) שנמצאו ברשות המשרד הארץ ישראלי בבודפשט.
לאחר הסכמת הממשלה ההונגרית מיום 26.6.1944, ביקש לוץ להקים משרד חדש ונפרד מאתר הקונסוליה בה כבר טיפל בענייני 12 מדינות. המשרד החדש יועד לרישום מבקשי הסרטיפיקטים וארגונם. משה קראוס, מנהל המשרד הארץ ישראלי, שקיבל מקלט בקונסוליה השוויצרית, פנה לעזרה להסתדרות הציונית. ואלברט גייר איתר, מטעמה, את בית המסחר למוצרי זכוכית של משפחת וייס, ברחוב וואדאס 29. הבעלים הסכימו למסרו למטרה זו. לפי דרישת סא"ל לאסלו פרנצי, מקשר הז'נדרמריה עם הגסטפו, הועברה הבעלות על הבניין ממשפחת וייס לשגרירות השוויצרית. על חזית הבניין הוצב ב-24.6.1944 שלט "המחלקה להגירה, נציגות האינטרסים הזרים של הצירות השוויצרית".
הפעילים הציונים היוו את שדרת הפקידים לרישום המועמדים ובדיקת הזכאות להיכלל בקבוצה של 7,800 המתעתדים להגיע לפלשתינה. טופסי המועמדים, על כל פרטיהם ותמונותיהם נכרכו בארבעה אלבומים שקיבלו את חתימותיהם של קרל לוץ ושל המשרד החוץ ההונגרי .
המועמדים קיבלו אישור שהם נכללים בדרכון קולקטיבי וכי עד לסיום התהליכים הפורמליים (רשות המעבר הגרמני ניתנה רק ב-15 בנובמבר, כאשר מחצית הונגריה הייתה כבר בידי הצבא האדום) הם נתונים לחסות ממשלת שוויץ.
תנועות הנוער הציוניות, שמאז הפלישה הגרמנית פעלו בצוותא 'כמחתרת תנועות הנוער הציוניות' (הרזיסטנס), טענו שמדובר בארגון עלייה ודרשו נציגות משלהן, לפי הנוהל שהיה שגור מזה ימים ימימה במשרד הארץ ישראלי בהונגריה. אכן, תביעתן הוכרה ומאמצע חודש אוגוסט קיבלו משרד בתוך הבית. על הדלת התנוסס שלט "מדור החלוצים", רפי בנשלום ניהל את המשרד, וייצג את 'מחתרת תנועות הנוער הציוניות' על כל זרמיה. רפי ייצג את המחתרת כלפי הנהלת הבית, כלפי כל המוסדות הציוניים, הגופים היהודיים וגם בפני שגרירויות ניטרליות.
בחסות המעמד האקסטריטוריאלי של 'בית הזכוכית' קיימה מעתה הנהגת המחתרת (ZYRM) את פגישותיה בבניין. שם חולקו התפקידים, שם צויידו החברים בתעודות מצילות חיים למשימותיהם, משם יצאו שליחי 'המחתרת', לשם הגיעו הידיעות על חציית גבול שעברה בהצלחה, על נפילת חברים לידי המשטרה, משם אורגנו המבצעים לשיחרור הכלואים. בבית הבטוח התקיימו הדיונים עם נציגי קבוצות האנטי-נאציות הלא-יהודיות שבאו לקבל עזרה מהמחתרת (ZYRM ) – כל זה נעשה – ללא ידיעת הנהלת הבית או הקונסול לוץ.
הפעילות סביב חדר "החלוץ" משכה תשומת לב, וגרמה למורת רוח מצד הנהלת הבית. ב-15.10.1944 נקטו יוזמה ואסרו את כניסתם של מנהיגי 'המחתרת' לבית הזכוכית. השוטרים בשער, שהכירו אישית את כל אחד ממנהיגי 'המחתרת', מסרו להם על כך. רפי בנשלום ואפרה אגמון פרצו בכוח לישיבת הנהלת הבית, עמדו על זכותם, על זכות 'מחתרת תנועות הנוער הציוניות' (ZYRM). רק שידור הרדיו עם הודעתו של הורטי על הפסקת הלוחמה שם קץ למחלוקת.
אחרי תפיסת השלטון ע"י 'צלב החץ' רדפו האירועים הדרמטיים זה אחר זה. היהודים, תושבי בודפשט, גויסו לעבודות ביצורים סביב הבירה. (גברים 16 – 60, נשים 16 – 40), 70 יחידות של עובדי הכפייה היהודים של הצבא ההונגרי הועברו תחת פיקוד גרמני ישיר. בצעדת המוות הנוראה גורשו נשים, זקנים וילדים לגרמניה. מפרברי בודפשט נשמע באותו זמן רעם הקטיושות הסובייטיות.
האווירה בבית הזכוכית השתנתה. 'המחתרת' ודרכה קיבלו לגיטימציה. דלתות הבית נפתחו בפני חברי תנועות הנוער, וניתן מקלט לעריקים מפלוגות עבודת כפייה, ובעצם לכל יהודי שהגיע. השלט של הקונסוליה השוויצרית הוצב גם על בית המשרדים ברחוב ווקרלה 17, קירות המרתף בין 'בית הזכוכית' לבין משרדי התאחדות הכדורגל השכן, ברח' וואדאס 31, נפרצו. בשלושה מבנים אשר נקראו ביחד 'בית הזכוכית', מצאו מקלט עד יום השחרור (18.1.45) כ-4,000 יהודים.
המבנה של בית הזכוכית לא יועד לקליטת אלפי אנשים. במציאות החדשה היו צריכים לדאוג לסדר ומשמעת, למקומות לינה (במשמרות), למים, לאוכל, לשירותים, וגם לשמירה על שער הכניסה. אלכסנדר גרוסמן נטל את המושכות ובכשרון ארגון יוצא דופן, ובמסירות ללא מנוחה (ישן 2-3 שעות ביום) ניצח על מהלך החיים ועל הפעילות של ההמון הרבגוני שהצטופף בבית המסחר שהפך תחילה ל"קונסוליה", ולבסוף למקלט הגדול והבטוח בבודפשט עבור היהודים הנרדפים. בעליית הגג התמקמו חניכי 'הנוער הציוני', חברי 'המזרחי' ותנועת 'בני עקיבאי. במרתף השתכנו חברי 'השומר הצעיר', 'מכבי הצעיר' ו'דרור הבונים'. במרתף נשמר מקום גם לבית כנסת, ומרחב למשפחות אורתודוקסיות עם ילדים. סדרנים גברתנים של גרוסמן , וויסתו את התנועה בשער הכניסה. בעת התרחבות השליטה על מבנים נוספים, עבר גרוסמן ל'סניף' ברחוב ווקרלה 17, שמחה הונוולד החליפו בבית הזכוכית, ואלכסנדר (שמשון) נתן נבחר ל'מפקד' האחראי על כ-1,000 חניכי תנועות הנוער ועריקים מפלוגות עבודות כפייה, שעברו למרתף הצמוד של רח' וואדאס 31, (שהיה המבנה הנטוש של התאחדות הכדורגל ההונגרית). לעזרתם, הצטרפו פעילים בבית הזכוכית, מדריכים של תנועות נוער שונות, כגון משה בידרמן, (הנוער הציוני) ובנימין פייגנבאום (בני עקיבא).
מנהיגי 'המחתרת' הבינו שעומדת בפניהם משימה אחת: מרוץ למען החיים. שם, בין כותלי בית הזכוכית נולד הרעיון: לצייד כל יהודי בתעודת חסות שוויצרית (שוצפס). כדי לדחות את הקץ. במשך החודשים האחרונים לשלטון האימים של 'צלב החץ' בראשות סאלשי והמצור על בודפשט, הדפיסה המחתרת ביוזמתה כ-120,000 תעודות חסות שוויצריות. וגם דאגה להפצתן.
הפצת תעודות החסות התנהלה בכל הערוצים האפשריים ע"י אנשי 'המחתרת', גם מהמשרדים ,מהמוסדות , ומבתי הילדים של 'הצלב האדום הבינלאומי' וגם ע"י מתנדבים רבים. כדי להיענות לדרישות, 'המחתרת' הקימה 'סניף לקונסוליה' ברח' פרצל מור 2 – מול בנין הקונסוליה של קרל לוץ בסאבאדשאג טר (כיכר החרות). את 'הקונסוליה' הזאת ניהלו החברים פרץ רבס ואברי פייגנבאום. בכיכר סאבאדשאג, בחזית 'הקונסוליה', שמרו פרשי המשטרה על הסדר מפני הסתערות ההמונים.
פשט, חלקה המזרחי של עיר הבירה, לרבות 'בית הזכוכית' , על שלוחותיו, הגטו המרכזי ברובע 7, הגטו הבינלאומי ( מה שנשאר ממנו), שוחררו ע"י הצבא הסובייטי ביום 18.1.1945.
