ב־19.3.1944, ביום כניסת הגרמנים להונגריה, למד בבית המדרש לרבנים, אשר משטרת הונגריה הפכה למחנה מעצר למנהיגים יהודיים. תלמידי בית המדרש חויבו לעבוד במחנה. יהודה הורן יצר קשר עם העצורים, מסר מידע לקרוביהם ולגורמים שונים וגילה להם את מקומם. רבים מן העצורים הצליחו להשתחרר הודות למידע זה. הורן עצמו גויס לפלוגה לעבודת כפייה, ברח וחזר לבודפשט. עלה ארצה, בשנות ה־60 חי בירושלים ועבד כארכיטקט.