- március 19-én a német hadsereg bevonult Magyarországra. Ettől a naptól kezdve minden, a zsidókat érintő ügy német fennhatóság alá került. Sorsukat Adolph Eichmann különleges egysége határozta meg, és a rendelkezéseket a Gestapo és magyarországi csatlósai hajtották végre.
- 1944. június 26-án, három héttel a szövetségesek normandiai partraszállása után Franciaország partjainál a Horthy Miklós kormányzó által vezetett magyar koronatanács összeült és ratifikálta a magyar kabinet döntését, hogy teljesíti Carl Lutz svájci alkonzul kérését, miszerint 7800 fő, a britek által ellenőrzött Palesztinába való bevándorlásra jogosító „igazolás” birtokosai elhagyhatják Magyarországot.
Car Lutzot 1942. január 2-án nevezték ki Svájc magyarországi alkonzuljává. Feladatai közé tartozott azoknak az országoknak a képviselete, amelyek diplomáciai kapcsolatai a háború miatt megszakadtak Magyarországgal. 1944. június közepén Lutz arra kérte a magyar kormányt, hogy engedélyezze neki a budapesti Palesztinai Hivatalhoz továbbított 7800 (a brit mandátum által Palesztinában kiállított) bevándorlási bizonyítvány szétosztását.
Miután a magyar kormány jóváhagyta az igazolások szétosztását, Lutz engedélyt kért egy új iroda felállítására, külön a svájci konzulátustól, ahol már 12 ország konzuli ügyeit intézte. Az új iroda kizárólagos célja az igazolások iránti kérelmek feldolgozása volt. Moshe Kraus palesztinai irodaigazgató, aki a svájci konzulátuson kapott menedékjogot, a Magyar Cionista Szövetséget kérte meg, hogy segítsen megfelelő épületet találni. Geyer Albert ügyvéd, aki az egyesületet képviselte, a Weiss család tulajdonában lévő üveggyárat javasolta a Vadász utca 26. szám alatt, és a Weiss család beleegyezett. Ferenczy László alezredes, a Magyar Királyi Csendőrség és a Gestapo összekötőjének kérésére az épület tulajdonjoga a svájci követségre szállt át. Az épületre 1944. június 24-én került felirat: „Kivándorlási Osztály, Svájci Külképviselet Külföldi Érdekek Képviselete”.
A cionista aktivisták alkották a hivatalnokok gerincét, akik feldolgozták a kérelmeket és ellenőrizték a 7 800 zsidó jogosultságát, akik Palesztinában akarták felépíteni jövőjüket. A minden adatot tartalmazó, a kérelmezők fényképével ellátott, Carl Lutz és a magyar külügyminisztérium által aláírt kérvényeket négy albumba kötötték.
A kérelmezők megerősítést kaptak arról, hogy egy „kollektív útlevélbe” kerültek, és hogy a hivatalos ügyintézés befejezéséig (a német átutazási engedélyt csak 1944. november 15-én adták ki, ekkorra már fél Magyarországot a Vörös Hadsereg ellenőrizte) a svájci kormány védelme alatt állnak.
Attól a pillanattól kezdve, hogy a németek megszállták Magyarországot, a cionista ifjúsági mozgalmak közösen, földalatti Cionista Ifjúsági Ellenállási Mozgalom (CIEM) néven működtek. Ez a szervezet Alija mozgalomnak vallotta magát, és saját képviseletet követelt, ahogyan az a magyarországi Palesztinai Hivatalban évekig gyakorlat volt. Kérésüket elfogadták, és augusztus közepén a mozgalomnak irodát jelöltek ki az Üvegházban. Az ajtón a He’Halutz Osztály felirat volt olvasható, és annak igazgatója, Rafi Benshalom képviselte a CIEM összes ágát. Rafi képviselte a CIEM-et az Üvegház vezetőségével, a cionista intézményekkel, a zsidó közösségi szervekkel és a semleges nagykövetségekkel való minden kapcsolatában.
A CIEM az Üvegház területenkívüli státusának égisze alatt tarthatta üléseit az épületben. Ezeken az üléseken feladatokat osztottak ki, a tagok életmentő dokumentumokat kaptak, amelyeket küldetéseik során használhattak, földalatti futárokat küldtek ki, információkat osztottak meg a sikeres határátlépésekről, vagy fordítva, a rendőrség által elfogott tagokról, és terveket készítettek a foglyok kiszabadítására. Ezt a menedékházat használták a nem zsidó náciellenes csoportok képviselőivel folytatott megbeszélésekre, akik a CIEM-től kértek segítséget. Mindezeket a tevékenységeket az Üvegház igazgatójának vagy Lutz konzulnak a tudta nélkül folytatták.
A He’Halutz irodájában való állandó jövés-menés feltűnést keltett, és a vezetőség nem volt megelégedve a sok nyüzsgéssel. Az igazgatóság 1944. október 15-én élt a hatalmával, és megtiltotta a CIEM vezetőségének a belépést. A rendőrök a főkapunál, akik személyesen ismerték a vezetők mindegyikét, közölték velük a nyugtalanító hírt. Rafi Benshalom és Efraim Agmon erőszakkal megzavarták a direktórium egyik ülését, követelték jogaikat és a CIEM jogait. A vitát csak Horthy rádióüzenete állította le, amelyben Magyarország és a Szovjetunió közötti tűzszünetről szóló üzenetet közölt Horthy.
Miután a Magyar Nyilaskeresztes Párt átvette a kormány irányítását, drámai események követték egymást. Budapest zsidó lakosait (16-60 éves férfiakat, 16-40 éves nőket) kényszermunkaegységekbe sorozták be, hogy erődítményeket építsenek a város körül. A magyar hadsereg zsidó kényszermunkásaiból 70 egység került a németek közvetlen parancsnoksága alá. A nőket, idős férfiakat és gyerekeket brutális halálmenetben Németországba száműzték. Ebben az időszakban Budapest külvárosa a szovjet Katyusa rakéták dübörgésétől visszhangzott.
Az Üvegházban megváltozott a hangulat. A Földalatti Mozgalom és eszméi legitimitást nyertek. Az épület ajtaját megnyitották a cionista ifjúsági mozgalom tagjai és a kényszermunkaszolgálatosoktól dezertálók előtt, és lényegében minden zsidó, aki bejutott az épületbe, menedéket kapott. A Wekerle utca 17. szám alatti irodaépület elé a svájci konzulátus tábláját is kihelyezték, és átjárókat ástak az Üvegház pincéi és a szomszédos Vadász utca 31. szám alatti Magyar Labdarúgó Szövetség elhagyatott irodái között. 1945. január 18-án, a felszabadulás napján az Üvegház komplexumot alkotó három épület több mint 4000 zsidónak szolgált biztonságos menedékül.
Az Üvegház épületét nem több ezer ember befogadására tervezték. Az új valóságban az adminisztrációnak kellett fenntartania a rendet és a fegyelmet, és megszervezni az alvásrendet (váltásban), az élelmet, a vizet, a higiéniát és az őrséget a bejáratnál. Alexander Grossmann vállalta ezeket a feladatokat, és kivételes szervezőkészséggel és fáradhatatlan odaadással (éjszakánként csak 2-3 órát aludt) irányította a többgenerációs tömeg mindennapi életét és tevékenységét, amely a kezdetben „konzulátussá” átalakított kereskedelmi épületbe zsúfolódott, és végül a budapesti üldözött zsidók legnagyobb és legbiztonságosabb menedékhelyévé vált. A padláson a cionista Hanoar Hatzioni ifjúsági tagozat kadétjainak, a mizrahi mozgalom és a Bnei Akiva tagjainak adott otthont. Az alagsorban a Hashomer Hatzair Ifjú Gárda, az Ifjú Maccabi Hatzair és a Dror Habonim tagjai osztoztak. Az alagsorban volt a zsinagóga is, és a gyermekes ortodox családok számára kiosztott helyiség. Grossmann testes őrei szabályozták a forgalmat a bejárati kapunál.
Amikor a „konzulátus” kiterjesztette ellenőrzését további épületekre, Grossmann átköltözött az irodájával a Wekerle utca 17. szám alatti „fiókba”, és Simha Hunwald vette át helyét az Üvegházban. Alexander (Shimshon) Natant választották a közel 1000 ifjúsági mozgalmi kadét és kényszermunkás századból dezertáló „parancsnoknak”, akik a szomszédos pincébe költöztek a Vadász utca 31. szám alá. Hunwaldot és Natant az Üvegházban dolgozó aktivisták és a különböző ifjúsági mozgalmak csoportvezetői segítették, mint például Moshe Biedermann (Hanoar Hatzioni Cionista Ifjúság) és Benjamin Feigenbaum (Bnei Akiva).
A földalatti vezetők felismerték, hogy egyetlen küldetésük van: életben maradni. Ott, az Üvegház zárt termeiben kitalálták, hogy minden zsidónak Schutzpass-t – a svájci kormány által kiállított védelmi igazolványt – adjanak, hogy minél tovább késleltessék az elkerülhetetlent. A Szálasi Ferenc vezette nyilas rémuralom utolsó hónapjaiban, Budapest ostromakor a földalatti mozgalom kezdeményezte 120 000 svájci védelmi igazolvány kinyomtatását és szétosztását.
Az igazolásokat a földalatti mozgalom tagjai minden lehetséges csatornán keresztül terjesztették, beleértve a Nemzetközi Vöröskereszt irodáit, intézményeit és gyermekotthonokat. Az igény kielégítése érdekében a mozgalom „konzuli kirendeltséget” hozott létre a Perczel Mor utca 2. szám alatt, szemben a konzulátussal, ahol Carl Lutz dolgozott, a Szabadság téren. Ezt a kirendeltséget Révész Peretz és Avri Feigenbaum vezette. A kirendeltség bejárata előtt lovas rendőrök álltak, hogy a több ezer igazolást kérő között rendet tartsanak.
Pestet, a magyar főváros keleti részét, beleértve az Üvegházat és fiókjait, a VII. kerületi főgettót és a nemzetközi gettót (ami megmaradt belőle), 1945. január 18-án szabadította fel a szovjet hadsereg.
